• принятие решений по всем вопросам, касающихся функционирования ЧЭС;

• рассмотрение всех вопросов, предоставленных вспомогательными органами;

• принятие решений по вопросам членства и предоставления статуса наблюдателя и партнёра по секторальному диалогу;

• создание вспомогательных органов в рамках ЧЭС, формирование их задач;

• рассмотрение любых других соответствующих вопросов, которые он считает заслуживающими внимания.

Комитет старших должностных лиц — представители министров иностранных дел стран-участниц ЧЭС — действует от их имени и наделен следующими полномочиями:

• рассматривать деятельность вспомогательных органов, оценивать выполнение решений и рекомендаций Совета и разрабатывать рекомендации и предложения для представления Совету;

• рассматривать вопросы, касающиеся координации и сотрудничества с другими органами, связанными с ЧЭС, информировать Совет по данным вопросам и разрабатывать, при необходимости, соответствующие рекомендации и предложения;

• изучать организационные аспекты деятельности ЧЭС, участвовать в разработке предварительного календаря мероприятий;

• представлять Совету на его утверждение годовой бюджет ЧЭС;

• рекомендовать экспертов в специализированные подгруппы для проведения аудиторской проверки бюджета.

Парламентская ассамблея ЧЭС (ПАЧЭС) представляет национальные парламенты стран-участниц ЧЭС, обеспечивает постоянную поддержку процесса Черноморского сотрудничества на консультативной основе.

Черноморский банк торговли и развития – международная финансовая организация, целью которой является эффективное содействие процессу перехода стран-участниц к экономическому процветанию, финансирование и поощрение региональных проектов, оказание других банковских услуг по проектам государственного и частного секторов в странах ЧЭС.
Деловой совет ЧЭС — международная неправительственная организация, состоящая из представителей деловых кругов стран-участниц ЧЭС.
Постоянный международный секретариат находится в Стамбуле, Турецкая Республика. Функционирует под руководством действующего председателя ЧЭС, которое осуществляется через Генерального секретаря.
Действующий председатель — министр иностранных дел страны-участницы, который по ротации выполняет функции председателя ЧЭС, или любой другой министр, назначенный с этой целью правительством соответствующего государства.
Ротация должности председателя осуществляется каждые шесть месяцев в соответствии с английским алфавитом. В случае отказа страны-участницы от поста председателя, его занимает следующая по алфавиту страна-участница.
«Тройка» — система, которая состоит из действующего председателя, предыдущего и последующего председателей ЧЭС или их представителей. «Тройка» созывается по просьбе действующего председателя для обмена мнениями и информацией по вопросам текущей и будущей деятельности ЧЭС и отношений с другими международными организациями и учреждениями.
Вспомогательные органы — любая рабочая группа, группа экспертов, целевая группа, комитет или служба, учрежденные Советом министров иностранных дел или по его поручению. Они выполняют задачи, поставленные Советом, разрабатывают совместные проекты, а также способствуют продвижению этих проектов в соответствующих областях.
Центры, относящиеся к ЧЭС создаются с одобрения Совета с целью обслуживания всех заинтересованных стран-участниц в конкретных областях сотрудничества. Результаты деятельности центров носят консультативный характер.